Καμιά φορά η λήψη αντιγράφων ασφαλείας με το Windows Backup παρουσιάζει προβλήματα. Ένα σχετικά σύνηθες πρόβλημα είναι ο δίσκος του backup να έχει γεμίσει και να μην είναι δυνατό να ληφθούν νέα αντίγραφα. Αν και το Windows Backup διαθέτει αυτόματη διαχείριση του χώρου στο backup target, το παραπάνω πρόβλημα εμφανίζεται όταν ο όγκος των αρχείων των οποίων τηρούμε αντίγραφα ασφαλείας αυξηθεί απότομα. Μία τέτοια κατάσταση δημιουργείται όταν πχ οι χρήστες ανεβάσουν πολλά και μεγάλα αρχεία στο server ή αποφασίσουμε να προσθέσουμε στο backup job ένα ακόμα volume που έως τώρα δεν το κρατούσαμε backup. Συγκεκριμένα, το Windows Backup δε θα διαγράψει αυτόματα παραπάνω από το 1/8 του συνολικού χώρου του target disk. Στις εκδόσεις πριν το Windows Server 2008 συχνά η λύση ήταν να κάνουμε format τον δίσκο και να ξεκινήσουμε νέο backup schedule. Αυτό συνεπαγόταν την απώλεια όλων των αντιγράφων ασφαλείας που είχαμε έως εκείνη τη στιγμή, κάτι αρκετά επικίνδυνο. Στα Windows Server 2008 και τις επόμενες εκδόσεις, υπάρχει πολύ πιο ανώδυνη λύση.